Das Thema Datenschutz besitzt im HCC von jeher hohe Priorität. Darunter fallen beispielsweise auch Datenbestände, die nach dem Ablauf gesetzlicher Fristen zu löschen sind. Bereits 2008 entwickelte das HCC in Zusammenarbeit mit der SAP SE das erste Löschprogramm für das Land Hessen, das zur Wahrung des Datenschutzes zum Einsatz kam.
Das HCC ermöglicht, dass entsprechende personenbezogene Daten im SAP Human Capital Management (HCM) System des Landes Hessen systematisch und geordnet gelöscht werden können. Das betrifft insgesamt rund 420.000 Personaldatensätze, die im Landesreferenzmodell Personalwesen enthalten sind und auf Löschbarkeiten geprüft werden. Konkret gelöscht werden dabei unter anderem Abwesenheiten, Abwesenheitskontingente, Leihgaben, Datenfragmente sowie ganze Personaldatensätze.
Da die Datenhoheit bei den jeweiligen Landesdienststellen liegt, stößt das HCC erst nach entsprechenden Freigaben durch die personalverwaltenden Dienststellen die Löschprozesse an. Darüber hinaus berücksichtigt das HCC bereits bei der Umsetzung neuer Projekte den Datenschutz sowie damit verbundene Löschfristen. Dadurch erweitert sich das Spektrum der zu löschender Daten im SAP HCM kontinuierlich.